登記所備付地図XMLデータをgeojsonに変換しても、 公図については、GIS上でうまく表示されません （形がまったく異なるものとなります）。

対応方法として、データのCRSを「平面直角座標系」に変更することです。

CRSの変更方法として、 QGISで公図のgeojsonを開いたあと、このレイヤを右クリックし、プロパティを選択します。

ソース欄のCRSを愛知県であればEPSG:2449を選択します。

これにより公図が表示されるようになります （ただし、位置は正しくないです）。

複数のファイルを一括で変換するのであれば、以下を使うと楽です。 QGISの「プロセシングツールボックス」 > 「投影法（CRS）を設定」>「バッチプロセスで実行」